2 апреля 1997 года в Москве президенты Беларуси и России Александр Лукашенко и Борис Ельцин подписали Договор о Союзе Беларуси и России. Относительно небольшой документ состоял из 9 статей, главная из которых декларировала цели нового объединения: укрепление отношений братства, дружбы и всестороннего сотрудничества во всех сферах, повышение уровня жизни народов, устойчивое социально-экономическое развитие государств - участников Союза на основе объединения их материального и интеллектуального потенциалов, обеспечение безопасности и поддержание высокой обороноспособности.

Более детально принципы функционирования Союза Беларуси и России раскрывались в Уставе организации. В полноценном документе оказалось 40 статей, которые регулировали все аспекты взаимного сотрудничества, вплоть до возможности проведения совместных референдумов. Этот документ был подписан 23 мая 1997 года. Также им предусматривалось создание органов власти Союза - Высшего совета и Исполнительного комитета.

В последующие полтора года Беларусь и Россия занимаются дальнейшим формированием исполнительных органов Союза. Начинается проработка общего бюджета и первых союзных программ. В 1997—1998 годах происходит формирование исполнительных органов Союза, общего бюджета, осуществляются разработка и реализация первых союзных программ. Одними из них стали программы обустройства внешней границы Союза. Объем их финансирования составил более 6 млрд российских рублей.

25 декабря 1998 года Александр Лукашенко и Борис Ельцин подписали новый пакет документов, в который вошла Декларация о дальнейшем единении Беларуси и России. В ней государства признавали успех Союза и соглашались с необходимостью дальнейшего углубления интеграции путем создания полноценного Союзного государства: «Уже к концу первой половины 1999 года будет создана единая для всех субъектов хозяйствования правовая среда, сформировано единое таможенное пространство, унифицированы гражданское и налоговое законодательство, валютное регулирование и денежно-кредитная система. Завершатся объединение энергетической и транспортной систем, создание единого научно-технологического и информационного пространства».

Реализации части этих планов помешали последствия августовского кризиса 1998 года и осложнения во внутренней политике России, однако по многим пунктам удалось уверенно встать на путь развития. Дополнили Декларацию Договор о равных правах граждан, а также Соглашение о создании равных условий субъектам хозяйствования.

Спустя почти год - 8 декабря 1999-го - в Москве состоялось подписание Договора о создании Союзного государства, а также была принята Программа действий Республики Беларусь и Российской Федерации по реализации положений этого Договора. Спустя полтора месяца документ был ратифицирован парламентами обеих стран и официально вступил в силу.

- Мы можем теснее сотрудничать в области обороны и безопасности, выступать с единых позиций на международной арене, - сказал тогда белорусский лидер. – Подписанный договор – исторический и судьбоносный. Это тот фундамент, на котором мы войдем в третье тысячелетие.

- Навеки, - резюмировал Борис Ельцин, пожимая руку своему коллеге.

Среди обновленных целей «двойки» значились обеспечение мирного и демократического развития братских народов государств-участников, укрепление дружбы, повышение благосостояния и уровня жизни; создание единого экономического пространства для обеспечения социально-экономического развития на основе объединения материального и интеллектуального потенциалов государств-участников и использования рыночных механизмов функционирования экономики; проведение согласованной внешней политики и политики в области обороны; проведение согласованной социальной политики, направленной на создание условий, обеспечивающих достойную жизнь и свободное развитие человека.

- Этот стратегический документ (о создании Союзного государства, - прим.ред.) заложил основы тесной интеграции наших стран, придал динамичное развитие белорусско-российским отношениям, - скажет полтора десятилетия спустя уже действующий Президент России Владимир Путин. - За прошедшее время союзный проект доказал свою востребованность и жизнеспособность. Уверен, что Союзное государство будет и впредь играть важную роль, в том числе в качестве механизма обкатки перспективных интеграционных проектов и моделей.

Этим же документом предписывалось создание органов, регулирующих деятельность Союзного государства и жизнь внутри него. В их число вошли Высший Государственный Совет, Совет Министров и Постоянный Комитет. Парламентское Собрание – как законодательная площадка – к тому времени уже существовало.

Высший Госсовет стал главным органом Союзного государства. В его состав входят главы государств, главы правительств, руководители палат парламентов государств-участников. Ключевой вопрос, находящийся в его компетенции – утверждение бюджета Союзного государства. Помимо этого, на заседаниях Высшего Госсовета решают кадровые вопросы (в том числе – о назначении Государственного секретаря), достигаются договоренности по координации внутренней и внешней политики как Союзного государства в целом, так и государств, входящих в его состав, в отдельности. Председателем Высшего Государственного Совета является один из президентов – России или Беларуси – на основе ротации. С 2000 года эту позицию занимает Александр Лукашенко.

Главный законодательный орган Союзного государства состоит из 72 человек – по 36 делегатов от парламентов двух стран. Принятые в этом органе решения подтверждаются Федеральным Собранием Российской Федерации и Национальным Собранием Республики Беларусь. Помимо общих заседаний, систематически проводятся заседания Комиссий – это аналоги комитетов: по законодательству и Регламенту; по экономической политике; по бюджету и финансам; по социальной политике, науке, культуре и гуманитарным вопросам; по вопросам внешней политики; по безопасности, обороне и борьбе с преступностью; по вопросам экологии, природопользования и ликвидации последствий аварии; по информационной политике и взаимодействию с общественными объединениями.

Главой Парламентского Собрания является Председатель Государственной Думы Вячеслав Володин.

Исполнительный орган «двойки» включает в свой состав Председателя, глав правительств Беларуси и России, Государственного секретаря (на правах заместителя Председателя Совета Министров), министров иностранных дел, экономики и финансов государств-участников, а также руководителей основных отраслевых и функциональных органов управления Союзного государства.

Именно Совмин разрабатывает основные направления общей политики по вопросам развития Союзного государства, вносит на рассмотрение Парламентского Собрания союзные законы и разрабатывает проект бюджета Союзного государства. Председателем Совета Министров Союзного государства является глава Правительства Российской Федерации Михаил Мишустин.

Постоянный Комитет Союзного государства отвечает за подготовку заседаний Высшего Государственного Совета и Совета Министров. Согласно Договору о создании Союзного государства, он также «координирует работу отраслевых и функциональных органов Союзного государства и их взаимодействие с национальными органами государств-участников, контролирует выполнение принятых Высшим Государственным Советом и Советом Министров решений, регулярно информирует Совет Министров о положении дел в сферах деятельности отраслевых и функциональных органов Союзного государства, вносит предложения в Совет Министров по выполнению текущих задач развития Союзного государства».

Главой Постоянного Комитета является Государственный секретарь Союзного государства. С 2011 года по 2021 год этот пост занимал Григорий Рапота. С 19 марта 2021 года Государственным секретарем Союзного государства является Дмитрий Мезенцев.