Около 75% всех грузовых и более 50% пассажирских перевозок осуществляется железнодорожным транспортом. Необходимо отметить, что для Беларуси основными являются транзитные грузоперевозки. Достаточно сказать, что по удельному весу от общего количества объемов транзитные грузоперевозки составляют около 40%. В 2003 году Белорусской железной дорогой было перевезено 38,1 млн. т транзитных грузов, что на 19,8% больше, чем в 2002 году. Грузооборот составил 16,2 млн. тонно-км, увеличившись по сравнению с 2002 годом на 20,1%. В структуре транзитных перевозок главное место занимают нефтегрузы (49%), черные металлы (11%); удобрения (6,4%); уголь (5,6%), чугун (2,9%), стройматериалы (1,7%).

Росту объемов перевозок во многом способствует проводимая Белорусской железной дорогой тарифная политика. В настоящее время около 90% всех транзитных грузов по территории республики перевозится по фиксированным тарифным ставкам, уровень которых обеспечивает постоянную транспортную составляющую в цене товаров, повышая их конкурентоспособность на внешних рынках. В соответствии с Межправительственным Соглашением между Республикой Беларусь и Российской Федерацией о создании равных условий в области ценовой политики с 1 июля 2002 года Белорусской железной дорогой применяются внутрироссийские тарифы на экспортно-импортные перевозки с Россией (Прейскурант № 10-01), которые распространяются и на Калининградскую область. В результате стоимость перевозки снизилась на 10-40% в зависимости от родов грузов и дальности перевозок. По итогам 2003 года удельный вес российских грузов в общем объеме транзита составил 76%.

Потенциал железнодорожного транспорта Беларуси предопределяет в качестве приоритетного направления развитие международного транзита, на долю которого приходится 34% общего объема перевозок. Определяющие для дороги маршруты проходят в основном из регионов России, Казахстана и Украины в Балтийские порты Клайпеду, Вентспилс, а также Калининград.

В рамках Таможенного союза Беларуси и России действует протокол об упрощенном порядке таможенного оформления транзитных товаров, перевозимых по железной дороге. Предусмотрено, в частности, упрощение порядка таможенного оформления, а также транзитных товаров, перемещаемых в контейнерах из третьих стран и в третьи страны через таможенные территории Беларуси и России. При этом используются в качестве таможенной декларации дополнительные экземпляры дорожной ведомости.