Бюджет определен по доходам и расходам в размере 3,1 млрд. руб. Россия внесет в него 1 млрд. 760 млн. руб., а Беларусь – 948 млн. руб. Оставшаяся сумма поступит, в частности, за счет погашения Беларусью задолженностей по уплате долевого взноса в бюджет за период 2000-2003 гг. в размере 259 млн. руб.

В бюджете 82 процента общих средств выделяется на финансирование 40 совместных программ, проектов и мероприятий. Среди них – три новых программы, направленные на развитие компьютерных технологий, дизельного автомобилестроения, а также радиоэлектронных систем и аппаратуры специального и двойного назначения.

Образован Резервный фонд Союзного государства в объеме 3 млн. руб., который будет использоваться по решению Совета министров Союзного государства.

Расходы на промышленность, энергетику и строительство составят 30,8 процента средств бюджета, военно-техническое сотрудничество – 12,5 процента, правоохранительную деятельность и обеспечение безопасности Союзного государства (таможня и граница) – 7,8 процента, социальную политику, здравоохранение и образование – 12,7 процента. Кроме того, 80 млн. руб. выделяются на мероприятия по противодействию терроризму.