Сопредседатели ГВУ назначаются Советом Министров Союзного государства из числа заместителей (первых заместителей) глав правительств Республики Беларусь и Российской Федерации по представлению глав правительств государств-участников. В состав ГВУ, помимо сопредседателей, входит Государственный секретарь Союзного государства.
На заседание приглашаются представители министерств и ведомств Республики Беларусь и Российской Федерации, а также органов Союзного государства.
Заседания ГВУ проводятся по согласованию Сторон, как правило, перед заседаниями Совета Министров Союзного государства. Проект повестки заседания ГВУ формируется Постоянным Комитетом Союзного государства по согласованию с заинтересованными министерствами и ведомствами государств-участников и утверждается сопредседателями ГВУ.
Проект повестки и материалы по вопросам повестки (проекты решений, пояснительные записки, содержащие краткое обоснование необходимости рассмотрения вопроса, общую характеристику и основные положения вопроса, а также другие необходимые материалы, согласованные в установленном порядке с заинтересованными министерствами и ведомствами) направляются участникам заседания за 15 дней до установленной даты заседания. Заседания ГВУ проводятся под руководством одного из сопредседателей (по договоренности).
Итоги рассмотрения вопросов повестки заседания ГВУ оформляются отдельными протокольными решениями, подписываются сопредседателями ГВУ по окончании заседания ГВУ и рассылаются Постоянным Комитетом Союзного государства участникам заседания.
Постоянный Комитет Союзного государства осуществляет мониторинг выполнения решений ГВУ на основании информации, представляемой министерствами и ведомствами, ответственными за выполнение решений ГВУ.
Результаты мониторинга докладываются Постоянным Комитетом Союзного государства на очередном заседании ГВУ.
Организационно-техническое обеспечение проведения заседаний ГВУ осуществляется Постоянным Комитетом Союзного государства за счет средств бюджета Союзного государства.